La technologie de single cell RNA sequencing a été implémentée au Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon afin de répondre à l’ensemble des demandes de recherches fondamentales et cliniques en cancérologie de Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon. Au cours de l’année 2021, nous avons ainsi complétement intégré les solutions commerciales proposées par 10X Genomics, référence internationale en matière de scRNAseq, permettant d’explorer, à l’échelle de chaque cellule, le transcriptome des cellules eucaryotes. En complément de la mesure du transcriptome à l’échelle cellule unique, nous sommes désormais capable de mesurer la présence des protéines de surface, permettant d’obtenir des informations sur le phénotype des cellules tumorales ainsi que de séquencer les récepteurs de surface des cellules immunitaires (BCR, TCR) permettant d’examiner l’hétérogénéité des cellules du système immunitaire infiltrées dans les tumeurs. De plus, nous avons récemment implémenter des technologies de multiplexage d’échantillons permettant de diminuer le coût de ce type d’expérimentation et ainsi de rendre cette technologie accessible à un plus grand nombre de projets de recherche.
Nous avons aussi implémenté la technologie de transcriptomique spatiale, permettant d’étudier l’expression des gènes directement sur une coupe histologique de prélèvements cryoconservés. En conservant la répartition spatiale de l’expression génique, cette technologie permet de mieux appréhender la complexité tissulaire et de révéler des zones exprimant spécifiquement certains gènes clés du développement tumoral.
Ces différentes technologies sont actuellement largement utilisées par les chercheurs du CRCL, avec plus de 150 échantillons traités en 2021 (+300% d’activité par rapport à 2020) répartis sur plus de 25 projets différents.
Pour 2022, nous souhaitons développer l’activité autour de 2 grands axes :
L’utilisation des échantillons conservés et archivés. De nombreux échantillons, pour lesquels de nombreuses informations sont disponibles, sont actuellement stockés au Centre de Ressource Biologique mais ne peuvent pas être analysés par ces technologies du fait de la nécessité d’avoir des tissus Nous souhaitons développer des protocoles permettant d’utiliser des échantillons congelés (extraction de noyaux et single nuclei RNA sequencing) ou des échantillons fixés (transcriptomique spatiale sur échantillons FFPE) afin d’élargir les possibilités d’analyses par ces technologies sur ces échantillons précieux.
- Exploration de nouvelles Omics. Nous souhaitons implémenter de nouveaux kits permettant l’exploration des programmes épigénétiques, afin de caractériser les mécanismes moléculaires sous-jacents contrôlant l’expression des gènes et l’évolution tumorale, à l’échelle de la cellule
L’ensemble de ces développements et implémentations se font en étroite collaboration avec la plateforme de bioinformatique Gilles Thomas afin d’interpréter ces nouvelles données générées par ces nouvelles technologies.
Nous restons attentifs aux nouveaux développements technologiques qui pourraient aider les chercheurs dans leurs futurs projets (Split-seq, scDNAseq, etc.) et leur apporter des informations cruciales pour mieux comprendre les mécanismes de développement tumoral et proposer des solutions thérapeutiques adaptées aux patients.
Pour lutter contre le cancer, chaque cellule compte !