Plateforme de Sigle Cell

Cécile VERCHERAT
Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon

Le terme générique de cancer regroupe un ensemble de réalités physiopathologiques et biologiques très variées. Au cours des 15 dernières années, la prise en charge thérapeutiques des cancers a fortement évolué grâce, notamment, à une meilleure compréhension de ces disparités. Chaque avancée majeure dans le traitement des cancers a été associée à l’innovation et au développement de technologies de rupture. Les analyses génomiques des tumeurs, grâce à l’apparition de méthodes de séquençage haut débit, ont permis de détecter des anomalies spécifiques aux cellules cancéreuses analysées. Cela a entraîné des changements dans la prise en charge des patients. En effet, il est désormais possible d’adapter le traitement afin qu’il soit spécifique du cancer d’un patient permettant ce que l’on appelle une approche de « médecine personnalisée ». Cette révolution thérapeutique permet de cibler les processus dérégulés dans les cellules cancéreuses d’une tumeur. Les résultats de cette prise en charge sont très encourageants, toutefois, les rechutes, dues à la résistance de certaines cellules cancéreuses à ces thérapies ciblées, indiquent que l’analyse génomique de la tumeur comme un ensemble homogène n’est pas appropriée. Les tumeurs sont en réalité un ensemble hétérogène de cellules porteuses d’anomalies génétiques diverses. Lors du séquençage de l’ensemble des cellules des tumeurs, certaines anomalies peuvent être indétectables. L’approche que nous proposons sur la plateforme single tell a pour but d’accéder non plus à une information génomique globale mais de s’intéresser à chaque cellule d’une tumeur dans son individualité.

La plateforme de single cell propose d’étudier l’évolution (différentiation et maturation) des cellules cancéreuses et leur diversité grâce à l’analyse de leurs caractéristiques moléculaires. La principale difficulté réside dans la capacité de séparer les cellules à grande échelle afin d’analyser des milliers de cellules. La plateforme de single tell est équipée de deux technologies complémentaires permettant de traiter des échantillons tumoraux selon la technique du « dropseq » consistant en l’obtention de gouttelettes ne contenant qu’une cellule ensuite analysée grâce aux techniques de séquençage à haut débit. La première technologie (Chromium ioX) représente la technologie de référence au niveau international. Elle pertnet d’analyser en single tell à haut débit des échantillons frais de manière robuste et standardisée. La deuxième technologie (Nadia Dolomite) offre une plus grande flexibilité d’innovation grâce aux possibilités de développer des protocoles sur mesure permettant d’adresser spécifiquement les questions de l’étude. La variété du type d’analyses et d’échantillons analysables est également plus vaste.

La plateforme de single tell, en collaboration avec la plateforme de génomique du Centre Léon Bérard et la plateforme de Bioinformatique Gilles Thomas, offre donc aux chercheurs souhaitant développer des analyses single tell, les expertises indispensables pour leurs études allant de l’échantillon tumoral à l’analyse bioinformatique des « big data » générées par ce type de technologies